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Die Inkubationszeit, d.h. die Zeit zwischen Infektion (Zeckenstich) und Auftreten erster klinischer Symptome, liegt durchschnittlich zwischen 5 und 14 Tagen. Die erste Phase der Erkrankung (Prodromalphase) kann bis zu einer Woche dauern und beginnt mit grippeähnlichen, unspezifischen Symptomen wie Kopfschmerzen, Fieber, Schnupfen. Diese Symptome ähneln sehr einer Sommergrippe.
Etwa bei jedem dritten Patienten kommt es, nach einer anschließenden, beschwerdefreien Phase (Dauer: Durchschnittlich eine Woche), zu einem zweiten Krankheitsschub. Diese zweite Phase der Erkrankung (Manifestationsphase) ist gekennzeichnet durch neurologische Symptome und beginnt meist abrupt mit heftigen Kopfschmerzen und einem deutlichen Fieberschub. Der Erreger kann Infektionen der Hirnhaut, des Gehirns und des Rückenmarks verursachen. Von den betroffenen Patienten erleidet ca. jeder Zehnte dauerhafte Schäden wie Lähmungen, Koordinationsstörungen und ernsthafte psychische Veränderungen. Etwa 1 % der Erkrankten verstirbt. Je älter der Patient, desto schwerer verläuft in der Regel die Krankheit.
Es bestehen keine Möglichkeiten der ursächlichen (kausalen) Therapie, spezifische antivirale Medikamente existieren nicht. Ist die Krankheit einmal ausgebrochen, ist nur eine symptomatische, auf die Linderung einzelner Symptome konzentrierte Therapie möglich. Der sicherste Schutz gegen FSME ist die Impfung.
Nach dem derzeitigem Wissensstand, geht man von einem langjährigen Immunschutz aus, wenn eine Person eine bestätigte FSME-Erkrankung (Antikörpernachweis und /oder Virusnachweis) durchgemacht hat. Es liegen nach Angaben des Robert Koch-Instituts allerdings nur wenige Erfahrungen vor, wie lange der Immunschutz nach Erkrankung ohne erneuten Kontakt mit dem Erreger (Reexposition) anhält. Der Impfschutz sollte bei anhaltendem Infektionsrisiko je nach Alter alle 3 bzw. 5 Jahre aufgefrischt werden. (vgl. RKI, FAQs zu FSME)
Anders ist es bei einer Infektion mit Borrelien, eine überstandene Erkrankung bewirkt keinen langfristigen Immunschutz. Der Stich einer infizierten Zecke kann erneut eine Borreliose auslösen.
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